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"use strict";
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const fs = require("fs-extra");
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const path = require("path");
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const toml = require("@iarna/toml");
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const ligationSamples = [
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|
[
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"-<<",
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"-<",
|
|
"-<-",
|
|
"<--",
|
|
"<---",
|
|
"<<-",
|
|
"<-",
|
|
"->",
|
|
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|
|
"-->",
|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
"<->",
|
|
"<-->",
|
|
"<--->",
|
|
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|
|
"<!--"
|
|
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|
|
[
|
|
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|
|
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|
|
"=<=",
|
|
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|
|
"<===",
|
|
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|
|
"<=",
|
|
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|
|
"=>>",
|
|
"==>",
|
|
"===>",
|
|
"=>=",
|
|
">=",
|
|
">>=",
|
|
"<=>",
|
|
"<==>",
|
|
"<===>",
|
|
"<====>",
|
|
"<!---"
|
|
],
|
|
[
|
|
"[|",
|
|
"|]",
|
|
"{|",
|
|
"|}",
|
|
"<=<",
|
|
">=>",
|
|
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|
|
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|
|
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|
|
"~~>",
|
|
"::",
|
|
":::",
|
|
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|
|
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|
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|
|
"/=",
|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
[
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|
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|
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|
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|
|
"<*>",
|
|
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|
|
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|
|
"<|>",
|
|
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|
|
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|
|
"<.>",
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|
".>",
|
|
"+:",
|
|
"-:",
|
|
"=:",
|
|
"<***>",
|
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"__",
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"(* comm *)",
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"++",
|
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"+++",
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"|-",
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|
"-|"
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]
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];
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const ligationSamplesNarrow = [
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[
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"-<<",
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"-<",
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|
"-<-",
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|
"<--",
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|
"<---",
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|
"<<-",
|
|
"<-",
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|
"->",
|
|
"->>",
|
|
"-->",
|
|
"--->",
|
|
"->-",
|
|
">-",
|
|
">>-"
|
|
],
|
|
[
|
|
"=<<",
|
|
"=<",
|
|
"=<=",
|
|
"<==",
|
|
"<===",
|
|
"<<=",
|
|
"<=",
|
|
"=>",
|
|
"=>>",
|
|
"==>",
|
|
"===>",
|
|
"=>=",
|
|
">=",
|
|
">>="
|
|
],
|
|
["<->", "<-->", "<--->", "<---->", "<=>", "<==>", "<===>", "<====>", "-------->"],
|
|
[
|
|
"<~~",
|
|
"<~",
|
|
"~>",
|
|
"~~>",
|
|
"::",
|
|
":::",
|
|
"==",
|
|
"!=",
|
|
"/=",
|
|
`~=`,
|
|
`<>`,
|
|
"===",
|
|
"!==",
|
|
"=/=",
|
|
"=!="
|
|
],
|
|
[
|
|
":=",
|
|
":-",
|
|
":+",
|
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"<*",
|
|
"<*>",
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|
"*>",
|
|
"<|",
|
|
"<|>",
|
|
"|>",
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"<.",
|
|
"<.>",
|
|
".>",
|
|
"+:",
|
|
"-:",
|
|
"=:",
|
|
":>",
|
|
"__"
|
|
],
|
|
[
|
|
"(*",
|
|
"*)",
|
|
"[|",
|
|
"|]",
|
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"{|",
|
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"|}",
|
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"++",
|
|
"+++",
|
|
"\\/",
|
|
"/\\",
|
|
"|-",
|
|
"-|",
|
|
"<!--",
|
|
"<!---",
|
|
"<***>"
|
|
]
|
|
];
|
|
|
|
exports.parseLigationData = async function () {
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|
const ligToml = await fs.readFile(
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|
path.join(__dirname, "../../params/ligation-set.toml"),
|
|
"utf8"
|
|
);
|
|
const ligData = toml.parse(ligToml);
|
|
|
|
const ligationSets = buildLigationSet(ligData, comp => comp.buildup.join(","));
|
|
const nonMergeLigationSets = buildLigationSet(
|
|
ligData,
|
|
comp => comp.tag + comp.buildup.join(",")
|
|
);
|
|
|
|
return {
|
|
samples: ligationSamples,
|
|
samplesNarrow: ligationSamplesNarrow,
|
|
cherry: ligData.simple,
|
|
rawSets: ligData.composite,
|
|
sets: [...ligationSets.values()],
|
|
nonMergeSets: [...nonMergeLigationSets.values()]
|
|
};
|
|
};
|
|
|
|
function buildLigationSet(ligData, getKey) {
|
|
const ligationSets = new Map([
|
|
["*off", { tag: "calt", rank: 0, desc: "Ligation Off", brief: "Off", ligSets: [] }]
|
|
]);
|
|
for (const sel in ligData.composite) {
|
|
const comp = ligData.composite[sel];
|
|
if (!comp.tag) continue;
|
|
const key = getKey(comp);
|
|
let item = ligationSets.get(key);
|
|
if (!item) {
|
|
let ligSets = new Set();
|
|
for (const s of comp.buildup) {
|
|
ligSets.add(ligData.simple[s].ligGroup);
|
|
}
|
|
item = {
|
|
selector: sel,
|
|
tag: comp.tag,
|
|
rank: 1,
|
|
ligSets: [...ligSets],
|
|
tagName: [comp.tag],
|
|
desc: comp.desc,
|
|
brief: comp.brief || comp.desc
|
|
};
|
|
ligationSets.set(key, item);
|
|
} else {
|
|
item.tagName = [...item.tagName, comp.tag];
|
|
item.desc += ", " + comp.desc;
|
|
item.brief += ", " + comp.brief;
|
|
}
|
|
}
|
|
return ligationSets;
|
|
}
|